宇宙模拟器动漫的核心设定通常围绕超级计算机或先进人工智能构建的虚拟宇宙展开，该系统能够模拟天体演化、生命起源等宇宙进程，为故事提供宏大的背景。通过模拟宇宙，角色可在微观或宏观层面探索宇宙奥秘，同时探讨科技与现实的边界问题。
故事背景多围绕主角与模拟器的偶然或必然相遇展开，例如科学家在研究过程中意外激活隐藏的宇宙模拟系统，或普通人在机缘巧合下进入模拟宇宙。进入模拟后，主角常发现其中存在未知的规律或秘密，如模拟宇宙的“边界”并非绝对，或模拟中的生命体具有自主意识，从而推动剧情向更深层发展。
角色塑造方面，主角通常具备对宇宙的强烈好奇心或解决现实问题的决心，如为了理解宇宙起源而进入模拟宇宙，或为了寻找失散的家人而探索模拟空间。其他角色如技术专家、模拟宇宙中的智慧生命代表等，共同构成多元视角，通过合作或冲突展现科技与人性、探索与风险的主题。
主题层面，动漫常探讨现实与虚拟的界限，如模拟宇宙中的生命是否具有真实意义，或模拟系统是否反映了现实世界的某种本质。同时涉及科技伦理问题，如模拟宇宙的“真实性”对人类认知的影响，以及探索未知可能带来的风险与回报，引发观众对存在、意义等哲学问题的思考。
技术表现上，动漫通过视觉特效还原模拟宇宙的壮丽景象，如星云的形成、星系的旋转、行星的诞生，结合物理规律（如引力、量子力学）增强真实感。同时，模拟中的“bug”或异常现象成为剧情关键，如模拟宇宙中的能量异常导致现实世界受到影响，或模拟生命体的异常行为暴露模拟系统的漏洞，增加悬疑与紧张感。
整体而言，宇宙模拟器动漫通过宏大的宇宙设定与深刻的主题探讨，满足观众对未知的好奇心，同时引发对科技、现实与存在的反思。不同类型的作品（如科幻冒险、悬疑、哲学探讨）以各自方式诠释宇宙模拟器的魅力，成为现代动漫中一类具有独特吸引力的题材。
