小模拟器番外篇3以主角再次进入模拟世界为开端，这次模拟任务不再是简单的游戏通关，而是探索一个被遗忘的隐藏区域。该区域在主线的模拟地图中从未出现过，其入口被系统随机生成的障碍物所遮挡，需要主角通过解谜才能找到。
进入隐藏区域后，主角立刻发现与已知模拟世界的差异。例如，这里的植物生长速度比正常区域快三倍，建筑物的结构存在微小的变形，甚至时间流速似乎有所加快。这些细节让主角意识到，隐藏区域可能是一个被系统“遗忘”的测试区域，或者是一个被其他玩家修改过的空间。
主角通过观察环境中的细节，比如植物上的特殊纹理、建筑物边缘的磨损痕迹，以及空气中残留的未知能量波动，逐步推断出隐藏区域的特殊规则。例如，这里的物理定律可能被轻微调整，比如重力略有变化，或者物体间的摩擦力不同。主角利用这些规则，设计出新的解谜方法，比如利用快速生长的植物搭建临时桥梁，或者通过调整重力来通过狭窄的通道。
在探索过程中，主角遇到一个失忆的NPC，该NPC的对话中提到“这里是记忆的终点”，并引导主角寻找“时间的钥匙”。通过共同解决一系列与时间相关的谜题，比如调整时钟装置、修复被破坏的时间循环，主角和NPC逐渐揭开隐藏区域的秘密——原来这是一个用于测试时间操控技术的模拟空间，而NPC则是被系统保留的测试样本。
番外篇3不仅丰富了小模拟器的世界观，为后续主线剧情埋下伏笔，同时强化了主角解决问题的能力。通过探索隐藏区域，主角学会了如何从细节中寻找线索，如何适应未知的环境，以及如何与NPC合作完成任务。这些经历让主角在后续的主线剧情中更加从容，也为小模拟器的世界观构建提供了更多可能性。
