微生物模拟器是一款模拟微观生命世界演化的游戏。玩家从控制一个单一的、简单的生命体开始，体验从单细胞生物到复杂有机体的整个进化过程。
游戏的核心玩法围绕资源管理和繁殖展开。玩家需要持续获取能量和营养以维持生命。当生命体积累足够的资源时，即可进行分裂，产生新的后代。这种简单的分裂机制是所有复杂生命形式的基础。
进化的核心在于基因的变异与选择。生命体通过随机变异产生新的基因组合，这些变异可能带来新的能力，如更高效的能量转换、更快的移动速度或不同的形态。在资源竞争和捕食压力下，具有优势基因的生命体更有可能存活并繁殖，从而推动整个种群朝着更适应环境的方向进化。
玩家需要主动与环境互动以制定策略。环境包含各种资源，如食物、氧气和适宜的温度。玩家需要探索环境，寻找资源并避开危险。同时，玩家也可以通过进化出捕食者或防御机制来改变环境，形成新的生态平衡。这种互动性为游戏增添了深度和策略性。
随着游戏的进行，生命体可以进化出更复杂的结构。从单细胞生物，生命体可能发展出多细胞结构，形成不同的细胞类型，进而可能进化出更复杂的器官和功能。这种从简单到复杂的进化路径，让玩家能够直观地理解生命演化的基本规律。
游戏通常包含多代循环。玩家控制当前生命体的同时，可以将其“子代”传递下去，让后代继续游戏。这种设计使得游戏目标不仅是当前个体的生存，更是整个物种的延续和进化。玩家需要思考如何为后代留下更优秀的基因，以应对未来的挑战。
