微生物模拟器是一个数字模型，它通过计算机程序模拟了微观世界中生物体的行为和相互作用。它并非真实存在的生物体，而是人类为了研究和理解生命现象而创建的工具。这个模拟器提供了一个独特的视角，让我们得以一窥那些在宏观尺度上无法观察到的世界。
模拟中的物理现实在微生物模拟器中，世界并非由固体和液体构成，而是由分子构成的复杂环境。模拟器将物理空间抽象为三维网格，每个网格点上都有不同的化学物质浓度。这些浓度构成了“地形”，例如高营养的区域、氧气丰富的区域以及有毒物质聚集的区域。微生物在模拟器中的移动并非通过肌肉或鞭毛，而是通过布朗运动和主动运输，它们会向浓度梯度更高的方向移动，以寻找食物和避免危险。
感知与生存驱动行为微生物模拟器中的生物体没有意识，也没有明确的目标。它们的“感知”是通过化学感受器检测周围环境的浓度变化。它们感知到的是“这里比那里多”或“这里比那里少”，而不是方向或目标。因此，它们的“行为”完全是生存驱动的。它们的目标不是“到达那里”，而是“移动到浓度更高的地方”。这种行为模式是纯粹的、无意识的，完全由环境中的物理和化学信号所决定。
模拟中的生命与死亡在微生物模拟器中，“生命”被定义为能够维持自身化学结构并执行基本代谢过程的能力。当生物体的化学结构因能量耗尽或被破坏而无法维持时，它就“死亡”了。模拟器不会对死亡产生情感反应，它只是根据预设的规则，模拟出下一个状态。这种对生命和死亡的描述是抽象的，它将复杂的生物学过程简化为一系列可计算的化学和物理步骤。
模拟中的时间与历史在微生物模拟器中，时间是一个连续的、可预测的变量。模拟器可以精确地记录和回溯每一个时间点的状态，包括所有生物体的位置、浓度和数量。这种“历史”记录是关于浓度梯度如何变化、种群如何增长和消亡的记录。通过快进或慢放模拟器的时间，研究人员可以观察演化过程，例如物种如何适应环境，或者种群如何因资源竞争而灭绝。
从微观视角看生命的本质微生物模拟器提供了一个独特的视角，它迫使我们从生存和化学的角度重新审视生命。它简化了复杂，并揭示了生命最基本的原则：从分子层面看，生命就是一系列持续进行的化学反应。这个模拟器让我们明白，我们所熟知的生命特征，如意识、情感和目的，可能是更高层次、更复杂的系统涌现出来的结果。它将我们带回到生命最根本的起点，即化学和物理定律。
