恐龙模拟器以数字形式重现了从远古爬行动物到恐龙的起源过程，通过模拟三叠纪晚期的生态竞争，展示了原始生物如何通过生理结构适应环境，最终演化出恐龙这一独特类群。模拟器中，原始爬行动物的骨盆结构变化（如髋臼从固着型转向开放型）成为恐龙起源的关键标志，这一特征在模拟中通过基因突变和自然选择机制被逐步强化，体现了进化的必然性与随机性的结合。
进入侏罗纪，蜥脚类恐龙成为陆地霸主，其进化路径在模拟器中清晰呈现。体型增大是核心趋势，长颈、长尾的结构适应了高植物获取策略，模拟中植物分布的随机性（如森林、草原的交替）直接影响蜥脚类的生存压力，进而驱动其体型和消化系统的进化。例如，当高营养植物稀少时，蜥脚类通过延长脖子获取食物，这一行为在模拟中被视为适应性选择，最终形成长颈特征。
兽脚类恐龙的捕食能力进化是模拟中的另一重点。从小型肉食者（如美颌龙）到大型掠食者（如霸王龙），其攻击策略和生理结构不断优化。模拟中，捕猎成功率与恐龙的速度、力量、牙齿结构密切相关，玩家通过调整基因（如增强肌肉力量、改善视觉）提升捕食能力，体现了自然选择对捕食者的筛选作用。霸王龙的进化过程尤其典型，其强壮的下颚和锋利牙齿在模拟中成为顶级掠食者的标志，反映了环境压力（如竞争加剧）对捕食行为的推动。
鸟类的起源与飞行进化是模拟器中进化的高潮。从兽脚类恐龙到鸟类的过渡，模拟中通过羽毛的出现、轻量骨骼的演化、飞行肌肉的增强逐步实现。环境因素如气候变化（如白垩纪的干旱）促使部分恐龙向空中发展，模拟中飞行能力的提升（如翼龙和早期鸟类的飞行距离）成为生存优势，最终形成现代鸟类的形态。这一过程展示了生物进化的连续性与突破性，体现了环境变化对物种演化的深远影响。
玩家在恐龙模拟器中的角色至关重要，他们通过基因编辑、环境改造等方式主动影响恐龙的进化方向。例如，通过增加植食性基因使恐龙适应植物环境，或通过增强肉食性基因提升捕食能力。这种人工干预与自然选择的结合，让玩家深刻理解进化机制，同时模拟器也通过随机事件（如自然灾害、物种入侵）展示进化的不可预测性，体现了生物多样性的形成过程。
恐龙模拟器作为进化鉴，不仅展示了恐龙的演化历程，更揭示了进化的普遍规律：环境压力、资源竞争、基因突变共同驱动物种适应与演化。从原始爬行动物到恐龙，再到鸟类的起源，模拟中的每一个进化步骤都反映了生物与环境的相互作用，让观者直观感受到进化的复杂性与魅力。这种数字再现为理解远古生命提供了新的视角，也加深了对生命演化的科学认知。
