《战双首席模拟器》以“首席”模拟器为核心设定，主角为“方舟”组织的精英成员，拥有处理“异常”现象的能力。主角通过“首席”系统进入“旧世界”与“现实”的交界处，执行特殊任务。这一设定为后续剧情的展开提供了基础，即主角的职责是维护“现实”与“旧世界”的平衡，防止异常事件对现实造成影响。
初始任务与“旧世界”的探索主角在完成“方舟”训练后，首次被分配到“首席”模拟器，执行第一个任务——调查“旧世界”的“星尘之海”区域。任务中，主角遇到第一个关键角色“阿卡迪亚”，她作为“旧世界”残留，试图阻止主角进入“旧世界”。这一事件开启了主角的冒险，也埋下与“阿卡迪亚”的冲突伏笔。
关键角色与核心冲突剧情推进中，主角逐渐了解“旧世界”真相：它曾是“神谕”统治的世界，正试图通过“异常”现象入侵现实。主角在“旧世界”结识“零”——曾是“旧世界”居民，因“异常”事件失忆的伙伴。同时，“阿卡迪亚”真实身份逐渐揭开，她是“旧世界”守护者，试图阻止“神谕”入侵，但方法与主角冲突，引发矛盾。
角色成长与主题深化任务中，主角通过不断执行任务，掌握“首席”系统能力，更好处理“异常”现象。与“零”关系从伙伴到信任战友。剧情探讨“现实”与“旧世界”平衡、“异常”对人类影响，引发玩家对“现实”本质思考。
结局与余韵最终，主角与“阿卡迪亚”和解，共同对抗“神谕”入侵。决战中，主角利用“首席”系统能力，成功阻止“神谕”入侵，维护“现实”与“旧世界”平衡。结局里，主角与“零”告别，继续“方舟”任务，留下“旧世界”真相与未来未知，引发玩家思考。
