手GBA模拟器的存档是玩家在虚拟世界中的数字足迹，记录着游戏进度、角色成长、装备配置等关键信息。这些存档作为游戏体验的延续，让玩家无需从头开始重复游戏过程，节省时间并保持兴趣。例如，在《超级马力欧 advance》中，存档保存了马力欧的等级、金币数量和关卡解锁状态，玩家可以通过存档直接进入已完成的关卡继续挑战。
不同GBA游戏的存档格式存在差异，部分游戏采用简单的文本文件，而复杂游戏如《最终幻想 Advance》则使用二进制格式。这种差异源于游戏开发时的设计选择，简单格式便于快速读取，复杂格式能存储更丰富的数据。玩家在处理存档时需注意格式兼容性，否则可能导致数据损坏或无法读取。
存档的迁移是手GBA模拟器用户常见的需求，从实体卡带转移到模拟器中。通过特定工具（如GBA卡带转存档软件）可将卡带中的存档数据提取为模拟器可识别的文件，如.srm或.sav格式。迁移过程中需确保数据完整性，避免因操作失误导致存档丢失或损坏。
备份存档是保护游戏进度的关键措施，玩家应定期将存档文件复制到安全位置，如电脑硬盘或移动存储设备。备份方式包括手动复制和自动备份软件，后者能自动监控存档变化并保存副本。当存档意外丢失时，备份文件可快速恢复游戏进度，避免重新开始游戏的挫败感。
