拳皇98模拟器无法运行时，常见原因之一是模拟器版本与当前操作系统或硬件配置不兼容。例如，较旧的模拟器版本可能不支持最新系统的图形API，导致启动失败。此外，模拟器自身存在bug或未修复的漏洞也会引发运行异常。
硬件配置不足是另一个关键因素。拳皇98对显卡和内存有一定要求，若电脑显卡驱动未更新或内存低于最低标准，模拟器在加载游戏时可能出现卡顿或直接崩溃。部分用户因忽略系统更新导致硬件驱动不匹配，进而影响模拟器运行。
游戏文件完整性问题也不容忽视。模拟器依赖拳皇98的原生ROM文件，若文件损坏、格式错误或被篡改，会导致模拟器无法解析游戏数据，从而无法启动。部分用户在下载文件时因网络问题导致文件不完整，或误用其他版本的游戏文件，造成运行失败。
模拟器内部设置错误同样会引发问题。例如，分辨率设置过高超出显示器支持范围，或控制器映射与实际设备不匹配，都会导致模拟器无法正常加载游戏界面。部分用户未仔细检查模拟器配置，直接使用默认设置，而默认设置可能不适合当前系统环境。
系统环境干扰也是重要原因。操作系统中的安全软件或杀毒程序可能误将模拟器或游戏文件识别为威胁，进行拦截或删除操作。此外，系统更新后未重新安装模拟器，可能导致兼容性问题。部分用户未清理系统垃圾文件，导致模拟器运行时出现资源冲突。
