Wii U与NS的硬件架构存在显著差异，这直接影响了模拟器的性能表现。Wii U采用三核心PowerPC处理器和AMD Radeon 7770系列GPU，而NS则基于ARM架构设计，搭配更先进的GPU。这种硬件基础的不同，是两者模拟器在运行效率、帧率稳定性等方面的根本原因。
在性能表现上，NS模拟器（运行NS游戏）在相同配置的电脑环境中，通常展现出更高的帧率稳定性和更低的性能损耗。由于NS硬件更接近现代PC架构，模拟器开发者更容易进行优化，因此NS模拟器在处理复杂游戏场景时，性能表现更出色，卡顿和掉帧现象较少。
兼容性支持方面，Wii U模拟器对Wii U游戏库的覆盖度较高，多数经典游戏能够运行，但部分新游戏或特定技术要求的游戏可能存在优化不足。而NS模拟器针对自身游戏，原生支持所有NS游戏，无需额外适配，兼容性几乎无限制。
社区与更新速度上，NS模拟器社区更为活跃，开发者更新频率高，定期发布补丁和优化，快速响应硬件新特性。相比之下，Wii U模拟器社区规模较小，更新速度较慢，对硬件新特性的支持存在滞后。
游戏库覆盖情况进一步体现了两者的差异。Wii U模拟器主要聚焦于Wii U游戏，覆盖约80%以上的游戏，但部分游戏因技术限制无法完美运行。NS模拟器则针对NS游戏，所有游戏均能原生运行，无兼容性问题，游戏库覆盖完全。
综合来看，NS模拟器在性能和更新速度上更优，适合追求流畅游戏体验的用户。Wii U模拟器则适合对Wii U游戏有特定需求，且能接受一定兼容性限制的用户。
