Yuzu模拟器支持通过Joy-Con作为游戏控制器，为玩家提供更便捷的掌机或家用机游戏体验。Joy-Con作为任天堂Switch的控制器，其独特的双摇杆和按键设计，在模拟器环境中能够模拟出多种经典游戏手柄的输入模式，提升操作灵活性。
连接Joy-Con到Yuzu模拟器需要通过蓝牙设备。首先确保Joy-Con已配对至电脑的蓝牙模块，然后在Yuzu的控制器设置界面中添加蓝牙设备，选择对应的Joy-Con设备并完成配对。部分情况下可能需要安装驱动程序或更新系统蓝牙支持，以保障连接稳定性。
在Yuzu模拟器中配置Joy-Con时，需进入控制器管理界面，选择“添加新控制器”并识别Joy-Con。随后根据游戏类型调整按键映射，例如将左Joy-Con的X、Y轴映射为方向控制，右Joy-Con的按键映射为动作键。部分游戏支持自定义按键，可通过模拟器内置的按键测试功能进行调试，确保操作精准。
使用Joy-Con操控Yuzu模拟器运行的游戏时，其双摇杆设计能提供更细腻的操作反馈，尤其适合动作类或赛车类游戏。例如在模拟《超级马里奥3D世界》时，Joy-Con的左右摇杆可精准控制角色移动和跳跃，按键响应迅速，增强了游戏代入感。同时，Joy-Con的振动功能也能模拟游戏中的触觉反馈，提升沉浸感。
为了优化Joy-Con在Yuzu中的使用体验，可调整模拟器的控制器延迟设置，降低输入延迟。此外，使用有线连接Joy-Con（通过蓝牙适配器）可减少信号干扰，提升稳定性。对于部分游戏，可启用“增强振动”模式，让Joy-Con的震动效果更明显，增强游戏互动性。定期检查Yuzu模拟器的更新版本，确保支持最新的Joy-Con固件和控制器功能。
