《神明模拟器》漫画以一个独特的设定展开故事，主角意外获得神明模拟器，成为虚拟世界的神明。他得以操控世界的规则，塑造万物命运，但模拟器的运行遵循着严格的逻辑框架，神明的权力并非绝对自由。
漫画中，神明模拟器提供了一系列工具，如“规则编辑器”用于设定自然法则，“资源分配器”用于管理资源流动，“事件干预器”用于影响具体事件。然而，这些工具的使用受到模拟器内置的“神明伦理”约束，禁止违背基本道德或造成不可逆的混乱，神明的决策需在规则与人性之间寻找平衡。
神明的视角与凡人存在显著差异，神明能俯瞰整个世界，洞察所有事件的因果链条，而凡人仅能感知局部现象。这种视角差异常引发误解：凡人认为神明的不作为是冷漠，而神明则因全局考量而无法干预局部事件。漫画通过这种设定，探讨了“上帝视角”带来的责任与无奈。
漫画深入探讨了“规则与自由”的哲学命题，神明的权力本质是规则的制定者，但过度干预会破坏世界的自然平衡。例如，神明试图消除贫困，却导致资源分配失衡；试图消除疾病，却引发新的生态问题。这种矛盾凸显了神明职责的复杂性，即如何在保障秩序与尊重自然规律之间找到最优解。
在具体情节中，主角面临诸多挑战：当城市遭遇洪水时，他需在“拯救所有生命”与“保护生态平衡”之间抉择；当社会出现贫富分化时，他需在“均贫富”与“激励创新”之间平衡。这些情节不仅展示了神明的决策困境，也反映了现实世界中类似的社会矛盾，使漫画具有现实关照。
《神明模拟器》漫画通过虚拟神权设定，以富含逻辑的叙事探讨了规则、权力与人性。它提醒读者，无论是神明还是凡人，都需要在规则与自由、全局与局部之间保持清醒的认知，这种思考对理解现实世界中的复杂关系具有启示意义。
