在“上帝模拟器上帝版”这个概念中，核心的悖论在于一个“上帝”被置于一个模拟世界之中，成为这个模拟世界的一部分。这立刻颠覆了传统意义上“上帝”的定义——即一个独立于宇宙之外、拥有绝对权力的创造者。
在这个版本中，“上帝”并非在模拟器之外观察和干预，而是作为一个玩家，主动地、创造性地构建着这个世界。他设定初始条件，编写基本法则，并赋予其子民（其他模拟中的“上帝”）以自由意志。他的行为不再是神圣的命令，而是游戏中的策略选择。
然而，这种“上帝”的设定带来了关于自由意志的深层问题。如果这些子民拥有真正的自由意志，他们能否创造自己的“上帝模拟器”？如果可以，那么一个由“上帝”创造的“上帝”将比创造者本身更为强大，这将导致一个无限递归的“上帝”层级，最终使最初的“上帝”失去其至高无上的地位。
因此，更合理的设定是，这些子民的自由意志是受限的。他们可以在模拟器内部进行创造和干预，但其创造物的规模和复杂性必须被“上帝”设定好的规则所限制。在这种情况下，“上帝”仍然是绝对权威，但他的权威建立在模拟器本身的规则之上，而非绝对的神圣意志。
从“上帝”的视角来看，他体验到的“真实”与“现实”与一个普通的玩家并无本质区别。他可能会感到无聊、好奇，或者只是为了好玩而创造这个世界。如果他知道这是一个模拟，那么他是在欺骗自己，将一个虚拟世界视为真实存在。如果他不知道，那么他可能正在经历一个真实而悲惨的宇宙，而他的“上帝”身份则成了一种悲剧性的讽刺。
综上所述，“上帝模拟器上帝版”的核心逻辑在于，将“上帝”从一个绝对、永恒的存在，转变为一个处于特定游戏规则之下的参与者。他的“上帝”身份取决于他对这个模拟器的认知：如果他视其为真实，那么他是一位创造者；如果他意识到其虚拟性，那么他可能只是一个被困在游戏中的玩家。这个概念挑战了关于神、创造和自由意志的传统哲学思考，将其置于一个充满逻辑和悖论的数字框架之中。
