《上帝模拟器》以主角通过模拟系统体验多元生命为叙事核心，构建了一个从微观个体到宏观社会的复杂生命网络。主角作为观察者与参与者，从单细胞生物的生存挣扎，逐步进入多细胞生物的群体协作阶段，最终抵达人类文明的发展历程。
在模拟系统中，生命从最基础的自我复制开始，通过自然选择逐步演化出更复杂的细胞结构和功能。当多细胞生物出现时，群体协作成为生存的关键，个体通过分工与合作提升整体生存能力，这一过程为后续社会结构的形成奠定基础。
进入人类文明阶段，社会结构从原始部落的氏族制度，逐步演变为城邦、帝国等复杂形态。不同社会形态下，道德观念、法律制度、文化传统成为维系社会秩序的核心，主角在模拟器中观察这些规则如何塑造个体行为，以及个体如何在规则中寻找生存空间。
模拟器中包含人类历史上众多重大事件，如战争、革命、科技革命等。主角通过体验这些事件，观察个体在宏大历史中的角色，以及历史进程如何被集体意志和偶然因素共同塑造。例如，在模拟的二战场景中，主角体验了士兵的恐惧与牺牲，以及战争对社会的深远影响。
随着模拟的深入，主角开始反思“存在”的本质。在模拟系统中，生命被设定为遵循特定规则，而主角作为观察者，开始质疑这些规则是否等同于“真实”。同时，主角也思考个体在宏大历史中的价值，以及生命在有限时间内的意义。
《上帝模拟器》通过模拟生命从微观到宏观的发展，探讨了存在的哲学问题。主角的体验从对生存的挣扎，到对社会规则的适应，再到对存在意义的思考，最终揭示了生命在宏大历史中的渺小与伟大，以及个体在有限生命中对意义的追求。
