《众神模拟器》的核心设定是玩家以神明身份进入模拟世界，通过神权系统管理万物。神权分为多个维度，如创造、毁灭、干预、资源分配等，玩家需根据设定目标选择行使何种神权。系统提供数据反馈，如信徒数量、世界繁荣度、自然平衡等，帮助玩家评估行为效果。
玩家的每一次神权行使都会对世界产生连锁反应。例如，创造生命会引发生态链变化，干预自然灾害可能引发新的社会问题。系统会实时记录这些影响，并给出长期趋势预测，促使玩家思考行为的远期后果。部分玩家通过积累信徒，建立宗教体系，进而影响世界政治格局；另一些玩家则专注于技术发展，推动文明进化。
游戏中存在多重道德困境，如是否干预人类自由意志，是否公平分配资源，是否允许不同信仰共存。玩家在决策时需权衡自身价值观与神权责任，部分玩家选择仁慈神明，通过改善民生提升信徒忠诚度；也有玩家选择威权神明，以强制手段维持秩序。这种选择不仅影响世界状态，也塑造玩家对“神明”角色的认知，从最初的管理者逐渐转变为世界塑造者。
游戏通过模拟不同文明的发展路径，探讨文化多样性对世界的影响。玩家可观察不同宗教、哲学思想的传播与融合，分析文化冲突与共存的可能性。系统允许玩家引入新信仰或改造现有信仰，进而影响世界价值观。这种模拟为玩家提供了思考文化演进的视角，引发对“文明本质”“信仰作用”等哲学问题的反思。
随着游戏进程推进，玩家的神权逐渐增强，世界模拟也进入更高维度。部分玩家通过积累经验，掌握更高级的神权，如时间操控或空间维度调整，进一步改变世界。同时，玩家在管理过程中不断积累智慧，从最初的冲动行为转向理性决策，形成独特的神明管理风格。这种成长过程体现了“模拟”的本质——通过模拟环境促进玩家认知提升。
